我们结婚了，我们没有结婚证，现在我们有了孩子，他在抚养，他是被告？

谁对孩子的成长有利谁获得孩子的抚养权。婚姻关系中的配偶一方同时也是独立的民事主体，享有作为自然人的人身权利和人格尊严，另一方负有尊重配偶这些权利的义务。在婚姻关系中，侵犯这些权利的行为主要包括家庭暴力和虐待。
　　第三十六条父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或母直接抚养，仍是父母双方的子女。离婚后，父母对于子女仍有抚养和教育的权利和义务。　　离婚后，哺乳期内的子女，以随哺乳的母亲抚养为原则。
哺乳期后的子女，如双方因抚养问题发生争执不能达成协议时，由人民法院根据子女的权益和双方的具体情况判决。　　第三十七条离婚后，一方抚养的子女，另一方应负担必要的生活费和教育费的一部或全部，负担费用的多少和期限的长短，由双方协议;协议不成时，由人民法院判决。
关于子女生活费和教育费的协议或判决，不妨碍子女在必要时向父母任何一方提出超过协议或判决原定数额的合理要求。　　第三十八条离婚后，不直接抚养子女的父或母，有探望子女的权利，另一方有协助的义务。
行使探望权利的方式、时间由当事人协议;协议不成时，由人民法院判决。

没有办理结婚证，没有进行结婚登记就是没有结婚。既然没有结婚，也就无所谓离婚，属于非法同居，形成事实婚姻。你现在可以选择的是：
1.双方协议分手。协议中须对财产进行分割，并对孩子的抚养作出安排；
2.补办结婚证，然后办离婚手续；
3.向法院起诉，要求对财产进行分割，对孩子的抚养权进行判决。 能协商的就协商解决。

双方均无配偶之间的同居有孩子：
此种情况最为普通。同居期间生的孩子和婚生孩子是一样的。所以，此时解除同居关系，孩子归谁具体看孩子的情况、父母的情况而定。
1、 两周岁以下的子女，属于哺乳期内，为保证婴儿的发育成长，一般应随母方生活。
2、 两周岁以上的子女，会优先考虑条件较好的一方抚养孩子。两周岁以上未成年的子女，父方和母方均要求随其生活，主要考虑：经济状况、个人素质、生活环境、对子女的责任感、以及与子女的感情亲密程度等。
3、 十周岁以上的未成年子女随父随母生活发生争议的，应考虑子女本人的意见。
　　
4、 父母双方可协议轮流抚养子女，这个会根据双方自愿达成的抚养协议，或者在法院的参与下达成抚养协议。