公司扣除我的年终奖金和带薪休假工资，准备退休。 因为合同规定休息日上班不休息，工资也没有倍增，可以通过劳动保障局的机关给公司加班补贴吗

可以。根据《职工带薪年休假条例》规定，机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假(以下简称年休假)。
单位应当保证职工享受年休假，职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。　　年休假，是国家根据劳动者工作年限和劳动繁重紧张程度每年给予的一定期间的带薪连续休假。
我国有哪些法定假日：元旦、春节、清明节、国际劳动节、端午节、中秋节、国庆节以及法律法规规定的其他休假节日。　　机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假(以下简称年休假)。
单位应当保证职工享受年休假。职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。　　职工累计工作已满1年不满10年的，年休假5天;已满10年不满20年的，年休假10天;已满20年的，年休假15天。
国家法定休假日、休息日不计入年休假的假期。　　《职工带薪年休假条例》第5条规定：“单位根据生产、工作的具体情况，并考虑职工本人意愿，统筹安排职工年休假。”可见，休年休假是由用人单位主动安排的，是用人单位的强制义务，而非必须由职工主动提出休年休假申请才能启动。
即使职工没有提出休年休假的申请，用人单位也应当主动安排，而不能视为职工自动放弃。除非用人单位安排职工休年休假，职工因个人原因提出不休年休假，可以视为职工自行放弃年休假。
在这种情况下，双方应通过书面形式确认，否则，发生纠纷时，用人单位会因提供不出已安排职工休假的证据而承担不利后果。

公司盈亏扣员工工资明显违法，你可以申请劳动仲裁，维护自己的权益。
　　法律依据：
　　《工资支付暂行规定》第七条工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付。如遇节假日或休息日，则应提前在最近的工作日支付。
工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。
　　《劳动争议调解仲裁法》 第九条规定，用人单位违反国家规定，拖欠或者未足额支付劳动报酬，或者拖欠工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金的，劳动者可以向劳动行政部门投诉，劳动行政部门应当依法处理。

讨薪：
1、申请支付令
在用工单位与劳动者达成和解协议，即用工单位开具了电子或者书面工资欠条的情况下，劳动者可以持有凭据直接到法院申请非诉讼督促程序，申请支付令，要求用工单位支付工资。
2、劳动监察部门投诉
到当地劳动监察部门投诉，劳动监察大队会到企业了解双方有没有和解的意愿，同时出具一份《处罚决定书》，要求用工单位支付工资。
3、劳动仲裁部门申请仲裁
在仲裁过程中，劳动者需要把存在劳动关系的证据以及相关情况的材料提交给仲裁庭，仲裁庭进行裁决，要求用工单位支付工资。
4、法院起诉
如果对裁决的结果不满意或者用工单位仍然不履行支付义务，可以到法院起诉，要求用工单位支付工资。劳动者必须先通过劳动仲裁，才能到法院提起诉讼。