从自动离职公司扣留工资是否合法？

不论是否工伤，一般职工主动辞职是没有经济补偿的。《劳动合同法》第三十七条规定，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。但这种属于职工自愿解除或终止劳动关系的，用人单位是不必向劳动者支付经济补偿的。除非劳动者是因为下列情形单方面解除劳动合同的，用人单位仍应当支付其经济补偿金：
(一)未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的;
(二)未及时足额支付劳动报酬的;
(三)未依法为劳动者缴纳社会保险费的;
(四)用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的;
(五)因本法第二十六条第一款规定的情形致使劳动合同无效的;
(六)用人单位以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动者劳动的，或者用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的;
(七)法律、行政法规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。

自动离职用人单位应当结清工资，但劳动者应当赔偿损失。

自动离职，指劳动者根据用人单位和自身情况擅自离职，而强行解除与用人单位的劳动关系的一种行为。因辞职或要求解除合同未准，擅自离职或违约出走；未说明原因不辞而别；受优厚待遇诱惑擅自“跳槽”等均属自动离职。
属于违法解除合同，按照《劳动合同法》第九十条和劳动部《关于实行劳动合同制度若干问题的通知》（劳部发〔1996〕354号）第18条规定，对用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。
用人单位要求劳动者赔偿损失的，应当承担举证责任。
　　
工资，是指用人单位依据劳动合同的规定，以各种形式支付给劳动者的工资报酬。劳动者付出了劳动，用人单位即应按照合同约定的标准支付报酬。
根据劳动部《工资支付暂行规定》第九条规定，无论是解除合同是否合法，用人单位均应在解除合同之时一次性结清工资。
　　
赔偿损失与结清工资是不同是不同的法律关系，二者应当分别计算，合并结算。

1、个人工伤赔偿得的钱公司要扣除工伤时所花的医药费，如果工伤赔偿中，包括用人单位支付的医疗费用的话，用人单位扣除是合理的，如果不包括用人单位垫付的医疗费用的，用人单位不得扣除的。
2、《社会保险法》第三十八条因工伤发生的下列费用，按照国家规定从工伤保险基金中支付：
（一）治疗工伤的医疗费用和康复费用；
（二）住院伙食补助费；
（三）到统筹地区以外就医的交通食宿费；
（四）安装配置伤残辅助器具所需费用；
（五）生活不能自理的，经劳动能力鉴定委员会确认的生活护理费；
（六）一次性伤残补助金和一至四级伤残职工按月领取的伤残津贴；
（七）终止或者解除劳动合同时，应当享受的一次性医疗补助金；
（八）因工死亡的，其遗属领取的丧葬补助金、供养亲属抚恤金和因工死亡补助金；
（九）劳动能力鉴定费。
第三十九条因工伤发生的下列费用，按照国家规定由用人单位支付：
（一）治疗工伤期间的工资福利；
（二）五级、六级伤残职工按月领取的伤残津贴；
（三）终止或者解除劳动合同时，应当享受的一次性伤残就业补助金。