请问，入社时没有在秘密协议书上签字是因为退休时必须在秘密协议书上签字，秘密协议书的秘密费用包含在工资中。 她在保密协议书上写到三年间都不能在她的店铺范围内就业。 她们有权限制未来吗？

就业协议书的全称是《全国普通高等学校毕业生就业协议书》，是由教育部高校学生司统一制订的。根据国家规定，在达成就业意向后，毕业生、用人单位、学校三方必须签订《全国普通高等学校毕业生就业协议书》。
所以《全国普通高等学校毕业生就业协议书》俗称三方协议，经毕业生、用人单位、学校三方签署后生效。 　　就业协议书具有一定的广泛性和权威性，是学校制订就业方案派遣毕业生、用人单位申请用人指标的主要依据，对签约的三方都有约束力。
所以毕业生就业时一定要签署就业协议书。协议书一经签署，协议各方须严格履行协议内容：毕业生要保证自己能正常毕业，按时到单位报到;用人单位要按照合法的用人程序接收毕业生，妥善安置毕业生的户口、档案;学校要按照规定程序派遣毕业生。
　　劳动合同是劳动者与用工单位之间确立，明确双方权利和义务的协议。劳动合同按合同的内容分为劳动合同制范围以内的劳动合同和劳动合同制范围以外的劳动合同;按合同的形式分为要式劳动合同和非要式劳动合同 　　用人单位应当与员工签订书面劳动合同，就业协议书不属于劳动合同，两者不具同一性，单位没有权利让员工承担违约金。
按照《劳动合同法》的规定，用人单位与员工在一个月之内应当签订书面劳动合同，否则从第二个月的次日起应当支付劳动者的双倍工资，并且办理五险一金。

用人单位与员工既可在劳动合同中约定保密条款，也可以订立专门的保密协议。但无论选择何种方式，都应当采取法定的书面形式，并做到条款清晰、明确。签订保密协议应注意的问题：　　
1、遵循公平原则，兼顾双方的利益。我国《劳动法》第22条规定：劳动合同当事人可以在劳动合同中约定保守用人单位商业秘密的有关事项，这是劳动领域中订立保密协议的法律依据。《合同法》第5条规定：当事人应当遵循公平原则确定各方的权利和义务。保密协议跟其他协议一样，首先必须遵循公平、平等的原则，才具有法律效力。　　
2、明确保密范围。不同的企业和同一企业的不同时期，所持的商业秘密是不一样的，在约定保密内容时，务必把需要保密的对象、范围、内容和期限等明确下来。此外，当商业秘密具有企业无形资产和职工个人劳动成果双重性质时，例如广告公司策划人员的创意工作、IT公司技术人员完成的编程、数据库等，应当特别注意明确其性质属于个人著作权还是公司商业秘密?当事人是否要承担保密义务。　　
3、明确保密主体和保密义务期限。除保密岗位和技术岗位这两种涉密岗位以外，一般员工(包括不承担保密义务的人员)在工作中有意或无意获悉公司的商业秘密时，也应该列入保密主体的范围，承担保密责任;掌握了商业秘密的员工的家属、朋友，对保守商业秘密也应该履行同等义务。　　虽然法律规定，保守公司商业秘密的义务不因劳动合同的解除、终止而免除，但由于商业秘密存在过期、被公开或被淘汰的情况，因此最好还是约定保密义务的起止时间。此外，保密主体在用人单位授权、司法调查或用于个人学习研究等特殊情况下使用商业秘密的，均可不视为违约。　　
4、采取竞业限制、脱密期保护等特殊方式操作时应当规范。竞业限制一般表现为，要求在职职工不得到同类企业兼职、离职后未经同意不得到原企业竞争对手处任职、不得自行组建同类企业参与竞争、不得唆使原单位的其他员工接受外界聘用、不为企业竞争对手提供咨询、建议服务等。参照原劳动部《关于企业职工流动若干问题的通知》、国家科委《关于加强科技人员流动中技术秘密管理的若干意见》，竞业限制的时间一般不得超过3年。用人单位还必须支付一定数额的经济补偿，一般不得少于该员工离开企业前最后一个年度从该企业获得的报酬总额的2/3。　　约定脱密期的适用对象一般只限于掌握企业重要商业秘密的技术人员和管理人员。用人单位可采取调换岗位、变更劳动合同内容等措施，对有关人员做脱密处理。但在时间问题上，应当参照《关于企业职工流动若干问题的通知》等规定，一般不得超过劳动合同解除或终止前6个月。

保密协议约定了禁业限制的，离职后限制期内用人单位应当支付经济补偿。
用人单位与负有保密义务的人员，在劳动合同或者保密协议中约定保守用人单位秘密事项，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内用人单位按月给予劳动者经济补偿，劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。