起诉时原告为专利权人，法院未审理结束，原告便将专利转让给了第三人，此时，法院以及原被告双方该如何处理，第三人是否使用善意取得？

1、专利权的转让，应该向国家知识产权局办理著录项目变更手续，提交著录项目变更申报书。（国家知识产权局网站首页的“办事区、表格下载”一栏中有《100016著录项目变更申报书》下载）　　
2、自提出请求之日起一个月内缴纳著录项目变更手续费200元。　　
3、证明文件：专利权人因权利的转让或者赠与发生权利转移提出变更请求的，应当提交转让或者赠与合同。该合同是由单位订立的，应当加盖单位公章或者合同专用章。公民订立合同的，由本人签字或者盖章。有多个专利权人的，应当提交全体权利人同意转让或者赠与的证明材料。　　《专利转让合同》的模板，您可以直接网上搜索　　
4、《著录项目变更申报书》和证明文件（《专利转让合同》），通过邮局挂号信或EMS邮寄到国家知识产权局受理处；著录项目变更费通过邮局汇到国家知识产权局收费处。注意，邮局汇款单附言一栏一定要写明：“专利号，著录项目变更费200元”。　　
5、国家知识产权局受理处和收费处的地址都是：市海淀区蓟门桥西土城路6号
（100088）　　一般时间三个月。

根据我国《专利法》及其实施细则的规定，专利权可以转让。中国单位或者个人向外国人转让专利权的，必须由国务院对外经济贸易主管部门会同国务院科学技术行政部门批准。　　转让专利权的，当事人应当订立书面合同，并向国务院专利行政部门登记，由国务院专利行政部门予以公告，专利权的转让自登记之日起生效。　　
一、合同当事人的义务与责任　　根据《合同法》的规定，专利权转让合同属于技术转让合同的范围，那么，专利权转让合同的让与人应当保证自己是所提供的技术的合法拥有者，并保证所提供的技术完整、无误、有效，能够达到约定的目标;而受让人则应当按照约定的范围和期限，对让与人提供的技术中尚未公开的秘密部分，承担保密义务。　　让与人未按照约定转让技术的，应当返还部分或者全部使用费，并应当承担违约责任;实施专利或者使用技术秘密超越约定的范围的，违反约定擅自许可第三人实施该项专利或者使用该项技术秘密的，应当停止违约行为，承担违约责任;违反约定的保密义务的，应当承担违约责任。　　受让人未按照约定支付使用费的，应当补交使用费并按照约定支付违约金;不补交使用费或者支付违约金的，应当停止实施专利或者使用技术秘密，交还技术资料，承担违约责任;实施专利或者使用技术秘密超越约定的范围的，未经让与人同意擅自许可第三人实施该专利或者使用该技术秘密的，应当停止违约行为，承担违约责任;违反约定的保密义务的，应当承担违约责任。　　受让人按照约定实施专利、使用技术秘密侵害他人合法权益的，由让与人承担责任，但当事人另有约定的除外。　　
二、专利权转让与专利申请权转让的区别　　专利权转让与专利申请权转让两者既有相同之处，也有本质上的区别：　　
(一)专利权转让中订立合同的标的是专利权，而专利申请权转让合同的标的是专利申请权;　　
(二)专利权转让发生在专利授权之后，转让人为专利权人，而专利申请权转让则发生在专利授权之前，转让人为专利申请人。

专利权人是指在国家知识产权局专利登记簿上记载的专利权的所有人。要想成为专利权人，有两种方法：　　
1、自己提出申请，经国家知识产权局审查合格，符合授权的条件，依法授予专利权。　　
2、通过继承或交易成为专利权人。公民或法人死亡或终止时，其合法的继承人得成为专利权人;通过买卖交易，他人也得成为专利权人。专利权人可自己实施或许可他人实施专利，并收取使用费。　　发明人，是指对发明创造的实质性特点作出创造性贡献的人，发明人只能是发明创造的完成者。在完成发明创造过程中，只负责组织工作的人、为物质技术条件的利用提供方便的人或者从事其他辅助工作的人，不是发明人。职务发明的发明人对专利享有署名权和获得奖励报酬权，除此之外发明人对专利不享有任何权利，自己不能实施专利也不能许可他人实施专利，发现他人侵犯专利权的，也无权加以制止。