为什么上司能理解扣除普通休息的正式工资，休假扣除工资和全勤，为什么普通休息也要扣除工资，上司合法？

《劳动法》中规定怎样扣请假工资？按照你请假的时间来乘上你的每小时工资，综合就是你所应该扣的工资。

事假不发工资，事假是因私事缺勤，劳动者没有付出劳动，不应支付报酬。
按原劳动部《对企业单位工人、职员加班加点、事假、病假和停工期间工资待遇的意见》（[59]中劳薪字第67号）第一条规定，在一般事假期间一律不发给工资。

请假应扣工资的计算：实际请假的工作时间(小时)×小时工资实际请假的工作时间(天数)×日工资，基本工资/当月天数*(当月天数-请假天数)。

根据劳动部《关于贯彻执行中华人民共和国劳动法若干问题的意见的通知》（劳部发〔1995〕309号）第59条规定，职工病假工资由用人单位按照不低于当地最低工资标准80%自主确定支付办法。

根据《工伤保险条例》第33条，工伤恢复期间，享受停工留薪待遇。因此不能扣除。
　　职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
　　停工留薪期一般不超过12个月。伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。工伤职工评定伤残等级后，停发原待遇，按照本章的有关规定享受伤残待遇。
工伤职工在停工留薪期满后仍需治疗的，继续享受工伤医疗待遇。
　　生活不能自理的工伤职工在停工留薪期需要护理的，由所在单位负责。

劳动者可以申请劳动仲裁，要求用人单位支付违法辞退的赔偿金以及被拖欠的工资。如何申请劳动仲裁：
1、去当地人力资源和社会保障局（原劳动局）内的劳动争议仲裁委，申请劳动仲裁，立案时需携带：仲裁申请书2份、申请人身份证复印件1份；相关证据复印件和证据清单2份；用人单位的工商登记信息（北京地区不需要提供登记信息）。
2、提交材料后，5个工作日仲裁委给予立案，然后给双方举证期，给对方答辩期；然后开庭审理，之后对你们双方进行调解，调解不成仲裁委会下达裁决书；劳动仲裁60天内结案；对于裁决书不服，劳动者可以起诉到法院；
3、申请劳动仲裁期间，不耽误劳动者去新单位工作。《劳动法》第五十条　工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。《工资支付暂行规定》第十八条　各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：　　
（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；　　
（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资的；　　
（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。　　经济补偿和赔偿金的标准，按国家有关规定执行。《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。第四十八条用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同，劳动者要求继续履行劳动合同的，用人单位应当继续履行；劳动者不要求继续履行劳动合同或者劳动合同已经不能继续履行的，用人单位应当依照本法第八十七条规定支付赔偿金。第八十七条用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同的，应当依照本法第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。