在职公司签订了保密合同。 其中甲方向保密义务人员支付的报酬和工资中包括保密费。 在这里不会重复支付。 有效吗？

按时支付工资是单位的义务，当单位违反了法定的义务时，劳动法也赋予了劳动者单方解除劳动合同的权利，如劳动合同法第38条第二款，未及时足额支付劳动报酬的，劳动者可以解除劳动合同。这种解除可以随时提出，不用提前30天。
那么，如果认定“及时”支付呢?我国《工资支付暂行规定》只是规定用人单位应在与劳动者约定的日期支付工资，并没有对“未及时”规定具体的期限。　　当企业正常经营的情况下，各省市地方对迟发工资一般给出了几天宽限期。
北京地区“北京市09年会谈纪要”规定了一个七天的期限，也就是说用人单位应当在与劳动者约定的日期内支付工资，但最迟不得超过工资结算支付周期届满后七日。如果工资支付日遇节假日或休息日时，应当提前在最近的工作日支付。
　　当企业遇到生产经营困难的问题时，也可以规定延期支付工资的期间。对《工资支付暂行规定》有关问题的补充规定中对“拖欠”工资做了一个解释，即单位确因生产经营困难、资金周转受到影响，在征得本单位工会同意后，可暂时延期支付劳动者工资，延期时间最长限制由各省、自治区、直辖市劳动行政部门根据各地情况确定。
而《北京市工资支付规定》用人单位因生产经营困难暂时无法按时支付工资的，应当向劳动者说明情况，并经与工会或者职工代表协商一致后，可以延期支付工资，但最长不得超过30日。
　　如果未经过向职工说明情况及征得工会或者职工代表同意，那么延期支付工资不得超过7日，延迟工资超过上述期限的，可以提出解除劳动合同，不需要提前30日。劳动合同中的“即使有法律规定可以解除合同的情形，仍要提前30天通知公司”的条款违反法律规定，属无效条款。

保密协议是作为劳动合同的一个附加条件存在的，公司与你没有签订劳动合同，保密协议也就没有存在的基础，且该保密协议违反了公平原则，故保密协议对你没有约束力。相反，自2008年1月1日起，劳动合同法正式实施后，公司自2月1日起必须与你签订书面的劳动合同，至今没有签订，公司是直接违反了劳动合同法的规定的。
因此建议你直接提起劳动仲裁，要求解除目前的劳动关系，确认保密协议无效，要求公司退还保密费，补交劳动保险，双倍支付自2008年2月1日起至提起劳动仲裁之日止的工资。

用人单位与劳动者存在用工关系，就必须依法订立劳动合同，而且双方各执一份劳动合同书的。如果用人单位一个月以上不订立劳动合同，那里劳动者可以反映到仲裁委员会处理，申请双倍工资赔偿。
　　法律依据：《劳动合同法》
　　第十条　建立劳动关系，应当订立书面劳动合同。
　　已建立劳动关系，未同时订立书面劳动合同的，应当自用工之日起一个月内订立书面劳动合同。
　　用人单位与劳动者在用工前订立劳动合同的，劳动关系自用工之日起建立。
　　第十六条　劳动合同由用人单位与劳动者协商一致，并经用人单位与劳动者在劳动合同文本上签字或者盖章生效。
　　劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。
　　第八十二条　用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。