加班工资和奖金能包括在公司的报酬中吗？当公司扣除税款时，两者都被计算在内。

1.正确运用工时制度
　　根据法律规定，加班与工时制度有直接的关系。至于用人单位与劳动者签订的是什么类型的劳动合同、实行月薪制还是年薪制，都与加班无关。加班只与工时有关，在我国工时有三类，即标准工时、综合计算工时、不定时工时。有关加班与工时的关系，我们已在前面详细分析过，这里就不再赘述。三类工时制度有各自适用的对象，用人单位要有效控制加班费，首先必须正确运用工时制度，对特殊的工作岗位需要按照法律规定申请特殊的工时。
　　
2.建立加班的申报、审批制度
　　加班是用人单位与劳动者双方合意的行为，要么是公司安排、员工同意，要么是员工申请、加班公司批准。因此，用人单位要控制加班费，应该制订一套规范的加班管理制度。首先，单位应当设置规范的加班申请单，包含申请理由、加班截止时间等具体内容，由员工提出加班申请;其次，要经过部门经理签字，得到部门经理的确认(部门经理加班由总经理确认);最后，到人事部门(或财务部门)备案。建立上述制度的重要意义还体现在加班费争议的处理中。
　　加班费的计算涉及加班工资计算基数，如果加班费的计算基数降低了，加班费也会随之降低。按照目前的大部分地区的司法实践，在计算加班工资时一般都按照当月的工资总额作为计算加班费的基数。因此，即使工资结构中分为基本工资、奖金、津贴、补贴等多个项目的，也无济于事。
　　
4.合理选择调休
　　按照法律规定，用人单位在休息日安排劳动者加班的，可以选择调休也可以选择支付加班工资。从控制加班费的角度来讲，有条件的用人单位应优先选择调休，尤其是管理人员加班更应选择调休来代替加班费支出。
　　
5.制作完备的工资支付凭证
　　对于存在加班现象的用人单位来说，工资支付凭证的制作是比较重要的。完备的工资支付凭证应反映当月的加班工资，否则，用人单位安排劳动者加班又未在工资支付凭证中反映加班工资的话，事后劳动者主张加班费的，用人单位将处于被动地位。
　　
6.妥善保管考勤记录和工资支付凭证
　　用人单位与劳动者因加班费发生纠纷的，考勤记录和工资支付凭证，是两项十分重要的证据。

关于加班费，在以下法律法规中有相关的规定，具体如下：

《中华人民共和国劳动法》第四十四条　有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：

1、安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；

2、休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；

3、法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

《劳动合同法》第三十一条 用人单位应当严格执行劳动定额标准，不得强迫或者变相强迫劳动者加班。
用人单位安排加班的，应当按照国家有关规定向劳动者支付加班费。

加班费是指劳动者按照用人单位生产和工作的需要在规定工作时间之外继续生产劳动或者工作所获得的劳动报酬。
劳动者加班，延长了工作时间，增加了额外的劳动量，应当得到合理的报酬。

可以要求赔偿。
加班费和节假日工作都是工资的组成部分，拖欠工资的，劳动者可以单方面解除劳动合同，并主张用人单位支付经济补偿金。
《劳动合同法》第三十八条用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：
（二）未及时足额支付劳动报酬的；

《劳动合同法》第四十六条有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：

（一）劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的；
《劳动合同法》第四十七条经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。
六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。