黑包工头不控制工人工资该怎么办，由哪个部门负责？

根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。 劳动部《关于贯彻执行〈劳动法〉若干问题的意见》（劳部发[1995]309号）第63条规定，企业克扣或无故拖欠劳动者工资的，劳动监察部门应根据劳动法第九十一条、劳动部《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》第三条、《违反〈中华人民共和国劳动法〉行政处罚办法》第六条予以处理。
《中华人民共和国劳动法》第九十一条的规定，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金。
《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》第三条的规定，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资的，除在规定的时间内全额支付劳动者工资报酬外，还需加发相当于工资报酬百分之二十五的经济补偿金。
《违反〈中华人民共和国劳动法〉行政处罚办法》第六条规定，用人单位 克扣或者无故拖欠劳动者工资的，应责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可责令按相当于支付劳动者工资报酬、经济补偿总和的一至五倍支付劳动者赔偿金。
你可以依照相关证据，举报到劳动监察部门或通过劳动仲裁解决。

拖欠工资，可以向劳动监察投诉，可以申请劳动争议仲裁，有欠条可以向人民法院申请支付令。
用人单位拖欠劳动者工资是一个比较常见的现象，协商不成，可以按以下三种途径追索工资。
一、有欠条的，可以直接向人民法院申请支付令。
二、向劳动监察投诉，由劳动监察责令限期支付；限期内不支付的，责令按拖欠额度50——100%支付赔偿金。

一般扣工资会有下面三个情况：
1、出勤天数未达到合同约定的天数，这个要按照基本工资除以应出勤天数再乘以请假天数，得出应扣除的工资；
2、工作期间违反公司规章制度或其他惩罚条例（比如打架、旷工、质量事故等），具体的金额根据公司的规定执行；
3、绩效扣分，一般公司的工资体系里会有绩效工资，也就是拿出一部分工资，根据绩效评价来发放，只有达到满分才能全部拿到，这个具体要参考公司的绩效体系是怎么构筑的；
若企业扣工资没有合法合理的理由，劳动者可以向劳动监察部门投诉，获得自己应得的工资。