夫妻分居已经3年了，现在离婚的手续怎么办？

对于离婚后儿女的抚养权，应先由双方协议解决，协议不成由法院判决。原则上，儿女的抚养权应由有抚养能力且有利于孩子成长一方抚养。建议应先取得男方无抚养能力及有不利于孩子成长的恶习的相关证据，如知情者的证言或无工作及无生活来源的证据。
以防发生纠纷之后无法取证。

根据《婚姻登记条例》第十条 内地居民自愿离婚的，男女双方应当共同到一方当事人常住户口所在地的婚姻登记机关办理离婚登记。
　　第十一条 办理离婚登记的内地居民应当出具下列证件和证明材料：
　　
(一)本人的户口簿、身份证;
　　
(二)本人的结婚证;
　　
(三)双方当事人共同签署的离婚协议书。
　　离婚协议书应当载明双方当事人自愿离婚的意思表示以及对子女抚养、财产及债务处理等事项协商一致的意见。

分居诉讼离婚程序：
　　根据《中华人民共和国婚姻法》第四章 离婚 第三十二条 男女一方要求离婚的，可由有关部门进行调解或直接向人民法院提出离婚诉讼。
　　夫妻一方坚持不离或虽然同意离婚，但是对子女抚养或财产分割达不成协议的，就只有通过法院诉讼离婚。诉讼离婚须经过下面三个程序：
　　第一阶段：起诉阶段。
　　这一阶段包括以下三个程序：
　　
1、原告向人民法院递交起诉书、副本及相关的证据；
　　
2、人民法院接受原告提交的文件、材料，进行审查；
　　
3、经审查起诉符合法律规定、要求，作出受理决定并立案，反之则退回原告文件及材料，并告之不予受理的理由。
　　第二阶段：答辩阶段。
　　
1、人民法院决定立案之日起五日内将原告的起诉书副本送达被告，并告知被告作出书面答辩；
　　
2、被告自收到人民法院送达的起诉书副本之日起十五日内作出书面答辩。
　　被告在十五日内不提出答辩，人民法院照常审理案件并作出判决。
　　如果被告确因非个人意志的原因在十五日内不能作出答辩，可以据实向人民法院申请，请求延期，人民法院院长可以作出延期的决定。
　　第三阶段：开庭审理阶段。
　　这一阶段进入离婚诉讼的实质性阶段，主要是审查证据，查明案情，分清是非，确认当事人的权利、义务。它包括以下几个程序：
　　
1、法庭调查；
　　
2、法庭辩论；
　　
3、法官主持调解；
　　
4、调解无效、判决。
　　离婚诉讼结束，但如果不服法庭判决(调解)，可以在收到判决书(调解书)之日起十五日(十日)内向中级人民法院提起上诉，逾期不提起上诉，判决(调解) 书生效。对生效的离婚判决(调解)不服的，按民事诉讼法的规定，当事人不能申请再审，只能就有关的财产分割和子女抚育问题申请再审。