老板在工资结束后辞职时扣除20%的工资合理吗？

一般来说，碰到这种情况，可以参照以下方式维权：
1、首先同单位协商解决，这样最快；
2、如果确实不能协商解决，单位又拖欠工资不发，你可以去当地劳动监察部门投诉，要求立案处理；
3、或者直接申请劳动仲裁解决，要求公司支付工资及经济补偿金。

《劳动合同法》第八十二条　用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。
第三十七条　劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。
第四十六条　有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：
　　
（一）劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的；
　　
（二）用人单位依照本法第三十六条规定向劳动者提出解除劳动合同并与劳动者协商一致解除劳动合同的；
　　
（三）用人单位依照本法第四十条规定解除劳动合同的；
　　
（四）用人单位依照本法第四十一条第一款规定解除劳动合同的；
　　
（五）除用人单位维持或者提高劳动合同约定条件续订劳动合同，劳动者不同意续订的情形外，依照本法第四十四条第一项规定终止固定期限劳动合同的；
　　
（六）依照本法第四十四条第四项、第五项规定终止劳动合同的；
　　
（七）法律、行政法规规定的其他情形。

工资是劳动所得，老板不可以随意乱扣工资。
如果你的工资被无故克扣，你可以和老板协商，协商不成可以通过法律渠道维权。
具体维权途径，向劳动保障部门投诉或是申请劳动仲裁，申请仲裁需提供相关证据，例如劳动合同证明劳动关系或者工资标准、银行交易明细证明单位少发了工资等等。