老板说辞职不批，除非自离，。我才工作一个月要扣工资2000元这是合理的吗

可以提前一个月递交辞职报告，到期后可自行离开，如用人单位拒不付工资可申请劳动仲裁。
用人单位以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动者劳动，或者用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的情形下，劳动者自动离职的行为属依据劳动合同法第三十八条第二款的规定解除劳动关系，可以依照劳动合同法第四十六条要求用人单位支付经济补偿。
劳动合同法第三十七条规定　劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。期满之日既可自离。

辞职不会被扣工资，提前三十日书面提交辞职书即可，根据规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。
但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。用人单位以辞职为由扣工资可以到当地劳动监察大队投诉。经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。

辞职是通知单位，不是要单位批准　　劳动合同期内，单位没有违法用工情况，提前三十天书面通知单位辞职　　单位有劳动合同法第38条规定违法用工情况，随时可以通知单位辞职。并且要求单位依据劳动合同法第47条支付补偿金　　到时间就可以离职，单位不结算工资、不办理离职手续的，可以向劳动监察部门举报或者申请劳动仲裁　　《劳动合同法》　　第三十七条　劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。　　第三十八条　用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：　　
（一）未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的；　　
（二）未及时足额支付劳动报酬的；　　
（三）未依法为劳动者缴纳社会保险费的；　　
（四）用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的；　　
（五）因本法第二十六条第一款规定的情形致使劳动合同无效的；　　
（六）法律、行政法规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。　　用人单位以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动者劳动的，或者用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的，劳动者可以立即解除劳动合同，不需事先告知用人单位。　　第四十七条　经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。　　劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。　　本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。