您好，请问工厂在市区内搬迁员工不愿意搬过去，用人单位是不是得付清所有工资

并非工厂搬迁，用人单位就一定需要支付经济补偿金。
工作地点是劳动合同必备条款之一，在劳动者与用人单位签订劳动合同时，双方应当对具体的工作地点作出约定，此后的实际履行当中工作地点也得以常态化固定。
企业搬迁，属于企业战略性、长期性的经营或办公场所的重大长期变更，势必对劳动者履行劳动合同造成重大影响，使得双方的权利义务发生实质性变更。

企业搬迁的事实，在法律性质上应定性为客观情况发生变化，一般而言，用人单位应与劳动者协商一致，变更劳动合同约定的内容，以保护劳动者在变更劳动合同内容时不受到不利影响。
但是，协商一致变更的原则，并不完全适用于劳动者工作地点因客观情况发生重大变化的所有情形，企业的经营自主权在不损害劳动者利益的情况下，可以跨越协商一致的形式原则，企业搬迁系因客观迫切需要无需征得员工实质上同意，司法实践中亦对协商一致原则做限制性解释与适用。

根据《劳动合同法》的规定和各地司法实践，企业搬迁，在本市行政区域内搬迁，职工上下班可乘坐本市公共交通工具，或企业提供交通补贴、免费交通工具接送等便利条件，对职工生活未造成明显影响的，劳动合同继续履行，劳动者不随迁没有经济补偿；反之，劳动者可以用人单位没有按照劳动合同的约定提供劳动条件解除合同，享有经济补偿金。

用人单位应当支付经济补偿金不支付的，向劳动监察投诉，也可以申请劳动争议仲裁维权。