公司给员工上调基本工资是为了应付政府调查，工资条上是上调了，但又从绩效考核扣掉，公司这样做合法吗？

用人单位未按劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者报酬时，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬；用人单位低于当地最低工资标准支付劳动者工资的，应当支付期差额部分；逾期不支付，责令用人单位按应付金额的50%以上、100%以下的标准向劳动者支付赔偿金。

扣留绩效工资的劳动合同，不会影响法律效力，所以劳动合同仍然是有效的。
　　《劳动合同法》第十六条　劳动合同由用人单位与劳动者协商一致，并经用人单位与劳动者在劳动合同文本上签字或者盖章生效。
　　劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。

1、能否获得绩效工资，需要看公司规章制度关于绩效工资的规定，如果你符合条件，即可以获得，如果不符合，就不能获取。
2、根据《劳动法》第36条规定，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。
3、根据《劳动法》第44条规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
4、所以，如果单位想让你加班，平时加班费用是平时工资的
1.5倍，周
六、周天加班费用是平时工资的2倍，法定节假日加班费用是平时的3倍，如果单位不合法支付你们加班费，你们可以解除劳动合同，要求单位支付经济补偿金；
5、经济补偿金的数额为解除劳动关系前12个月的平均工资乘以N（N的确定标准为每工作满一年支付一个月经济补偿金，不满6个月算半个月经济补偿金）
6、劳动纠纷，你所说情况，可以持证据申请仲裁。