员工辞职，扣工人工资1000元合法吗？

辞职即辞去职务，是劳动者向用人单位提出解除劳动合同或劳动关系的行为。辞职一般有两种情形，一是依法立即解除劳动关系。如用人单位对职工有暴力或威胁行为强迫其劳动、不按合同约定支付工资等，职工可以随时向用人单位提出解除劳动合同的要求;二是根据职工自己的选择，提前30日以书面形式通知用人单位解除劳动合同关系。
公司因员工辞职扣押工资的做法不合理，更不合法。如果公司有此违法行为，劳动者可向当地劳动监察部门反映，也可直接向劳动仲裁委员会申请仲裁。如果想和公司解除劳动关系，按照《劳动合同法》相关规定，劳动者离职应当提前三十日书面通知单位。
但有下列情形之一的，可以随时解除劳动合同：在试用期内应提前三日通知单位;用人单位以暴力、威胁或者限制人身自由的手段强迫劳动的;未按劳动合同约定支付劳动报酬或保障劳动条件的;用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的。
如果情况符合以上四种情形之一，可随时提出与公司解除劳动关系。如不符合以上情形，应提前三十日以书面形式向单位提出解除劳动合同。

根据《工资支付暂行规定》用人单位不得克扣劳动者工资，除了个人所得税、社会福利、代扣的抚养费及赡养费等，除此之外还有：
“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。
但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”
也就是说，除了正常扣除的费用，只有劳动者给用人单位带来损失的时候，用人单位才能扣除，且扣除量上也有限制。
很多单位为了制约这种不负责的员工，在公司规章制度里会注明“员工未提前一个月通知解除合同，需要扣一个月的工资”。然而，劳动法并不允许单位和劳动者在法律之外设置违法责任，劳动法规定劳动者可以承担的违约金情形只有2种情况：劳动者违反竞业限制约定、劳动者违反培训服务期约定。
也就是说企业规章制度中“扣一个月的工资”的约定是无效的。

劳动部发布的《工资暂行规定》第15条规定，用人单位不得克扣劳动者工资，有下列情形之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：　　
(1)用人单位代扣代缴的劳动者个人所得税;　　
(2)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项保险费用;　　
(3)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费;　　
(4)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。　　该规定第16条还规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定，要求劳动者赔偿经济损失，经济损失的赔偿，可以从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%.若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。上述代扣劳动者工资的情况，不得视为克扣工资。　　此外，根据劳动部的有关规定，下列减发工资的情况也不得视为克扣工资：　　
(1)国家法律、法规中有明确规定的;　　
(2)依法签订的劳动合同中有明确规定的;　　
(3)用人单位依法制定并经职工代表大会批准的厂规、厂纪中有明确规定的;　　
(4)企业工资总额与经济效益相联系，经济效益下浮时，工资必须下浮的，但支付给劳动者的工资不得低于当地最低工资标准;　　
(5)因劳动者请假等原因相应减发工资