我在一家外卖公司工作，工资没有底薪，全靠计件发的工资，迟到或者请假还要扣钱这样合法吗？

公司可以不发缺勤（旷工）的日工资累加工资，多扣的属于乱扣工资，当然也可以根据规章制度进行处罚。
《工资支付暂行规定》第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
《劳动合同法》第四条　用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。
劳动保障部于2008年1月10日公布了《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》：
“制度计薪日”即用于日工资的计算的月计薪天数，在工资发放的时候与许多考勤项目相关，如扣除事假、病假工资，加班费计算，工作不足一个月时的工资计算等等，都与“制度计薪日”及日工资数相关。
月计薪天数、日工资、小时工资的折算方法为：
月计薪天数：(365天-104天)÷12月=
21.75天(不扣除11天的法定节假日)
日工资：月工资收入÷月计薪天数
小时工资：日工资÷8

不发工资，不发工资可以打12333电话投诉，该电话是人力资源和社会保障局的电话。也可以到劳动局监察大队投诉。
由于公司未能按时发放劳动报酬，当事人可以申请解除劳动合同和劳动关系，并要求经济补偿。
当事人可以向当地劳动监察行政部门进行举报，由劳动监察大队责令用人单位支付工资，劳动监察大队协调不成的，劳动者可以申请劳动仲裁。

劳动合同中约定工资经双方确定，只要不低于当地最低工资就是合法的，劳动合同约定工资低于实发工资的情况，用人单位可以少缴纳五险一金，通常绩效考核等每月变化的报酬是不包含在五险一金的基数里面的。