请问生育津贴下来后，公司扣除的工资包括奖金、过节费还有年终奖，这样合理吗？

按照以下规定计算加班工资：《劳动法》第四十四条规定：有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。拖欠工资劳动者可以打12333电话投诉，该电话是人力资源和社会保障局的电话。也可以到劳动局监察大队投诉，由劳动监察大队责令用人单位支付工资，劳动监察大队协调不成的，劳动者可以申请劳动仲裁。对劳动仲裁裁决拒不执行的，可以申请法院强制执行。《劳动合同法》第八十五条：用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：
（一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；
（二）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；t
（三）安排加班不支付加班费的；
（四）解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。

奖金被扣数额应该是劳动合同上有约定的；
至少其月实际收入不低于最低工资标准；
奖金的本意就是工作好了给奖金，工作业绩差可以不给奖金。
奖金的额度在劳动合同上是不约定的，因此从这层意义上说，可以不给。
而不是什么扣不扣的问题。
劳动合同上约定的工资，应违反劳动纪律，请假等，扣除多少，才是真正的扣除。

用人单位扣除劳动者工资，需要具体分析，例如，用人单位代扣工资代缴的个人所得税的，属于用人单位扣除工资的正当理由。
工资薪金税前扣除标准：
国家税务总局规定，税务机关应对工资薪金进行合理性确认，具体可按5项原则掌握：
1、企业制订了较为规范的员工工资薪金制度；
2、企业所制订的工资薪金制度符合行业及地区水平；
3、企业在一定时期所发放的工资薪金是相对固定的，工资薪金的调整是有序进行的；
4、企业对实际发放的工资薪金，已依法履行了代扣代缴个人所得税义务；
5、有关工资薪金的安排，不以减少或逃避税款为目的。