我和我丈夫已分居，?有两个女儿，我想要两个孩子男方不同意，要是起诉离婚的话孩子抚养权会怎么判？

离婚有协议离婚和诉讼离婚两种方式。 离婚解决是否离婚、孩子抚养权及财产分割三个问题： 如果双方对上述问题协商一致，可到民政部门协议离婚。 如果协商不成，直接上人民法院起诉离婚。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如感情确已破裂，调解无效，应准予离婚。 孩子的抚养权：二岁以内一般给母亲，2岁-10岁考虑到孩子的抚养情况和双方的经济条件，10岁以上考虑孩子的意见。
孩子的抚养权及抚养费，一般是对方月收入20%-30%，除非对方愿意一次性全部支付，法院判决是按月支付。 财产；领取结婚证是划分是否是否属于夫妻共同财产的时间，但并不是必然的，还需要从资金来源来分析。

第一，对于你的情况，我表示真挚的同情和理解。根据你的描述，如果你们双方连续分居两年，那么法院一般会判决准予离婚，当然，还有其他很多准予离婚的情形； 第二，建议你向律师寻求一个较为详尽的咨询，这些咨询包括双方婚姻状况、财产情况、债务情况、子女情况，律师的咨询会根据你的案情和婚姻纠纷的具体情况进行分析，并给予一个总括性的指导意见，便于后期操作。
第三，如果要主张财产分割的，可能的保存好有效的证件、财产凭证等。包括：结婚证、购房协议或房产证、车辆买卖合同、发票、存折存单、借条、股票帐户、贵重财产发票。即使拿不到原件，也应当保存复印件留做底案，帐户号均要详细作记录。
第四，对方起诉你，你应该积极应诉，按照你的描述，孩子父亲极度不负责任，并且小孩长期由你扶养，在法律上，在你和对方其他条件相当的情况下，这对于判决由你扶养是一个有利因素。
关于抚养费的，根据《婚姻法》第三十七条规定：离婚后，一方抚养子女，另一方应负担必要的生活费和教育费的一部或全部。因此，如果孩子由你扶养，对方应当支付抚养费。不直接抚养子女的一方给付子女的抚养费的具体数额，可由双方协商确定，协商不成的，可依据子女的实际需要、父母双方的负担能力和当地的实际生活水平确定，有固定收入的，抚育费一般可按其月总收入的 20％至30％的比例给付，负担两个子女的可适当提高，但最高一般不超过月总收入的50％。
无固定收入的，可依据当年总收入或同行业平均收入比照前面的比例计算。

在男方不同意离婚的情况下，可以采取以下方式。
女方如果坚持不肯协议离婚，只能通过法院起诉离婚，诉讼离婚需要有证据证明双方是感情确已破裂，法院才会判决离婚。只要女方不同意，第一次起诉不会判决离婚的，判决后6个月男方才能再次起诉，第二次起诉一般会判决离婚的。一方坚持的话，早晚都会离的，只是时间问题。
出轨问题：
一方出轨，如果有《婚姻法》规定的离婚损害赔偿的情形，可以主张离婚损害赔偿。与他人同居的，但是必须有证据才可以。
涉及出轨的法律条文
通常意义上的出轨，导致感情破裂的，不影响夫妻财产分割，原则上仍然是一人一半。如果长期出轨与人通奸的，可以适当少分。
　　
一、婚姻法规定的有过错，只能是《婚姻法》第46条规定的情形。
即，有下列情形之一，导致离婚的，无过错方有权请求损害赔偿：
　　
（一）重婚的；
　　
（二）有配偶者与他人同居的；
　　
（三）实施家庭暴力的；
　　
（四）虐待、遗弃家庭成员的。
　　仅仅是出轨，而没有上述的5种法定情形，尽管精神上承受了巨大的痛苦，但在离婚时，提出损害赔偿请求，还是无法得到法庭的支持。