工伤停工留薪，公司只发底薪。最后一起补发合法吗？

1、已经工伤认定，还没有进行伤残鉴定的，正常情况下，仍在医疗期内的。医疗终结日期，一般在劳动能力鉴定的时侯，会写在鉴定报告上面的。
2、地方停工留薪的目录只是一个参考时间，原则上不能超过那个规定的范围的，一般地方规定的时间是足够恢复的。
3、《工伤保险条例》规定工伤医疗期间，原工资待遇不变，由用人单位按月支付的。
4、如果在医疗期内，用人单位按离职处理，是违法的，可以要求恢复劳动关系，并可以要求支付违法解除合同期间的工资损失的。

停工留薪内被用人单位强制工作的可以向劳动监察大队投诉，上班工资应按加班费处理。
《工伤保险条例》　第三十三条　职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
即受伤职工在停工留薪期内，暂停工作，享受原工资待遇。
用人单位强制工作的，是违法行为，可采用如下两种方式维权：
1、向劳动监察大队投诉，要求劳动监察大队责令用人单位停止违法行为，并支付加班工资；
2、因用人单位存在违法行为，主动接触劳动关系，并主张用人单位支付加班工资及解除劳动关系的经济补偿金。

法律规定，职工发生事故伤害，所在单位应当自事故伤害发生之日起30日内，向统筹地区劳动保障行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报劳动保障行政部门同意，申请时限可以适当延长。 　　按照前款规定应当向省级劳动保障行政部门提出工伤认定申请的，根据属地原则应向用人单位所在地设区的市级劳动保障行政部门提出。 用人单位未在规定的期限内提出工伤认定申请的，受伤害职工或者其直系亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接按规定提出工伤认定申请。 提出工伤认定申请应当填写《工伤认定申请表》，并提交下列材料： 　　
（一）劳动合同文本复印件或其他建立劳动关系的有效证明； 　　
（二）医疗机构出具的受伤后诊断证明书或者职业病诊断证明书（或者职业病诊断鉴定书）。 　　工伤认定申请表的样式由劳动保障部统一制定。 职工或者其直系亲属认为是工伤，用人单位不认为是工伤的，由该用人单位承担举证责任。用人单位拒不举证的，劳动保障行政部门可以根据受伤害职工提供的证据依法作出工伤认定结论。 劳动保障行政部门应当自受理工伤认定申请之日起60日内作出工伤认定决定。认定决定包括工伤或视同工伤的认定决定和不属于工伤或不视同工伤的认定决定。 劳动保障行政部门应当自工伤认定决定作出之日起20个工作日内，将工伤认定决定送达工伤认定申请人以及受伤害职工（或其直系亲属）和用人单位，并抄送社会保险经办机构。 职工或者其直系亲属、用人单位对不予受理决定不服或者对工伤认定决定不服的，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。