请问学生工一天工作12个小时并且没有周末休息时间，现在签订的合同未到期不做了，公司说扣工资，我们应该怎么办？他们是否合法，如果去劳动部门告他们，他们会受到什么惩罚吗

一般按税前工资的一定比例缴纳社保个人应缴纳部分，一般比例为20%左右（各地略有不同）。
在社会保险中，各项费用是以职工上年的全年平均工资为缴费基数（新招用人员以第一个月工资或者劳动合同规定工资为缴费基数）按比例计算，并由单位和职工个人分别缴纳的。

无故克扣工资是指用人单位无正当理由扣减劳动者应得工资(即在劳动者已提供正常劳动的前提下用人单位按劳动合同规定的标准应当支付给劳动者的全部劳动报酬)。　　无故克扣工资不包括以下减发工资的情况：
(1)国家的法律、法规中有明确规定的;
(2)依法签订的劳动合同中有明确规定的;
(3)用人单位依法制定并经职代会批准的厂规、厂纪中有明确规定的;
(4)企业工资总额与经济效益相联系，经济效益下浮时，工资必须下浮的(但支付给劳动者工资不得低于当地的最低工资标准);
(5)因劳动者请事假等相应减发工资等。　　有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：　　
(一)用人单位代扣代缴的个人所得税;　　
(二)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用;　　
(三)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费;　　
(四)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。　　因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

要看公司扣工资的理由是否合法，《工资支付暂行规定》第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。
但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。