专利侵权已过二年诉讼时效，但在起诉时侵权行为仍在继续，能否申请侵权人停止侵权？

1、专利权人起诉的，应当提交证明其专利真实有效的文件，包括专利证书、权利要求书、说明书和最新的专利年费缴纳凭证。若是关于实用新型专利侵权诉讼的，还应当提交国家知识产权局出具的实用新型专利检索报告。专利权的保护范围以权力要求书为准，说明书及附图的内容仅用来解释权利要求书的内容，但不能引入权利要求。
2、专利权人的合法继承人起诉的，除了提交上述第1项的材料外，还需提交相关继承关系的证明。
3、独占许可的被许可人起诉的，除了提交上述第1项的材料外，还需提交独占许可使用合同。
4、排他许可的被许可人起诉的，除了提交上述第1项的材料外，还需要提交排他许可使用合同以及专利权人放弃诉讼的证明材料。
5、普通许可的被许可人起诉的，除了提交上述第1项的材料外，还需要提交普通许可使用合同以及专利权人明确授权被许可人提起诉讼的证明材料。
6、涉及新产品的制造方法专利诉讼的，虽然专利法规定了被告“提供其产品制造方法不同于专利方法的证明”，但并不意味着原告没有举证责任。原告的举证责任是
（1）证明原告有一项产品制造方法的有效发明专利；
（2）该方法专利使用的结果是产生一项新产品；
（3）被告制造了与其新产品相同的产品。

1侵犯专利权的管辖，.重大的涉外案件。涉外案件是指具有涉外因素的民事案件。重大涉外案件是指争议标的额大，或者案情复杂，或者居住在国外的当事人人数众多的涉外案件。　　
2.在本辖区有重大影响的案件。这是指案件的影响超出了基层法院的辖区，在中级法院辖区内产生了重大影响。　　
3.最高法院确定由中级法院管辖的案件。这是指最高法院根据审判工作的需要，将某些案件确定由中级法院作为一审法院。目前这类案件主要有：
(1)海事、海商案件。海事、海商案件由作为专门法院的海事法院管辖。我国已在广州、厦门、上海、武汉等地设立了海事法院，海事法院均为中级法院。
(2)专利纠纷案件。专利纠纷案件有两类：一类是专利行政案件，属于行政诉讼的受案范围;另一类是专利民事案件，属于民事诉讼的受案范围。专利民事案件主要包括关于专利申请公布后，专利权授予前使用发明、实用新型、外观设计的费用的纠纷案件;关于专利侵权的纠纷案件;关于转让专利申请权或者专利权的合同纠纷案件。专利民事案件由省、自治区、直辖市政府所在地的中级法院，以及大连、青岛、各经济特区的中级法院管辖。
(3)重大的涉港、澳、台民事案件。
(4)诉讼标的金额大或者诉讼单位属省、自治区、直辖市以上的经济纠纷案件。

根据民法通则的有关规定：“任何人未经许可，为了生产经营目的，实施了侵犯专利权的行为，专利权人或者利害关系人可以请求停止侵权。”关于专利侵权赔偿的数额问题，专利法第六十条规定：“侵犯专利权的赔偿数额，按照权利人因被侵权所受到的损失或者侵权人因侵权所获得的利益确定；被侵权人的损失或者侵权人获得的利益难以确定的，参照该专利许可使用费的倍数合理确定”，在最高人民法院《关于审理专利纠纷案件适用法律问题的若干规定》的第二十条和第二十一条也作了相关规定。
此外，专利权人不仅可以要求经济损失赔偿而且还可以要求采取恢复专利权人的业务信誉的措施。