签订了两年的劳动合同，然后三个月以后自动离职，公司有权利扣除当月所有工资和押金吗？

原劳动部办公厅《关于自动离职与旷工除名如何界定的复函》（劳办发[1994]48号）曾经明确，“自动离职”是指职工擅自离职的行为。即职工根据企业和自身情况擅自离职，而强行解除与企业的劳动关系的一种行为。
如辞职未准擅自离职；未说明原因不辞而别；受优厚待遇诱惑而擅自“跳槽”等。职工没有请假，三天没有上班，是什么？原劳动部曾经规定，旷工是指非不可抗力因素，职工既不请假，或者请假未被批准，而不出勤。
职工不请假3天未上班，应属于旷工。但旷工并非自动离职。用人单位规定旷工3天算自动离职与法律法规精神相悖，属于无效规定。但是，用人单位可以通过民主程序，依法制定规章制度，规定旷工3天，属于“严重违反用人单位规章制度”，经催告不复工可以解除劳动合同。
工资是用人单位按照法律法规的规定和劳动合同的约定支付给劳动者的工资报酬，劳动者付出了劳动，就有获得劳动报酬的权利。用人单位因为劳动者旷工解除合同，应当在解除合同时按出勤一次性结清工资。
对于劳动者旷工，可以扣除当天工资，可以要求其因为旷工给用人单位造成的有证据证明的直接经济损失进行赔偿，但不得乱扣工资。

劳动者自动离职，用人单位克扣劳动者一个月的工资是违法的，如果因为劳动者的离职给用人单位造成一定损失的，用人单位是可以要求劳动者进行一定赔偿的。

对于用人单位无故克扣其工资的行为，劳动者可以向当地的劳动监察部门进行投诉或者申请劳动仲裁。

《中华人民共和国劳动合同法》第九十条 劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。

《工资支付暂行条例》第十六条 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。
经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

根据劳动合同法的规定，“劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。”因此，您只需提前一个月书面通知用人单位，一个月过后，就可以要求公司办理相关离职手续，并付清工资。
若公司不发工资给您，您可以申请劳动仲裁，除了请求公司付清工资外，因为公司无故拖欠工资，还可以请求加发相当于工资报酬百分之二十五的经济补偿金。