我和公司有债务纠纷，但公司没经过本人同意把工资扣了5年，公司合法吗？

1、劳动者自用工之日起，与用人单位建立劳动关系。虽然你没有签订书面劳动合同，但你已经与公司建立劳动关系，合法的劳动关系应当受到法律的保护。也就是说用人单位应当向您支付您应得的劳动报酬，那是用人单位的义务。
2、用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。所以，你有权主张自用工之日起超过一个月不满一年的双倍工资，也即最多十一个月的双倍工资。

劳动合同法关于克扣工资的规定
克扣工资是指用人单位无正当理由扣减劳动者应得工资。不包括以下减发工资的情况：
(1)国家的法律、法规中有明确规定的;
(2)依法签订的劳动合同中有明确规定的;
(3)公司依法制定并经职代会批准的厂规、厂纪中有明确规定的;
(4)企业工资总额与经济效益相联系，经济效益下浮时，工资必须下浮的(但支付给劳动者工资不得低于当地最低工资标准);
(5)因劳动者请事假等相应减发工资等。
根据劳动部《对〈工资支付暂行规定〉有关问题的补充规定》(劳部发[1995]226号)，“克扣”系指用人单位无正当理由扣减劳动者应得工资(即在劳动者已提供正常劳动前提下用人单位按劳动合同规定的标准应当支付给劳动者的全部劳动报酬。
第三十条 用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。 用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
第八十五条 用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿;劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分;逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：
(一)未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的;
(二)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的;
(三)安排加班不支付加班费的;
(四)解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。

劳动合同工资低于实际工资,可以以公司无故拖欠克扣工资为由，被迫辞职并可以要求公司支付经济补偿金。　　法律依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：　　
(一)未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的；　　
(二)未及时足额支付劳动报酬的；　　
(三)未依法为劳动者缴纳社会保险费的；　　
(四）用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的；
(五)因本法第二十六条第一款规定的情形致使劳动合同无效的；
(六)法律、行政法规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。用人单位以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动者劳动的，或者用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的，劳动者可以立即解除劳动合同，不需事先告知用人单位。