我是2001年入职的，2011年被其他公司并购，其中签过二次合同，现在工作都16年了，至2017年2月28号合同到期，公司下发劳动合同到期终止，不愿意续签，说要签只安排其他岗位和外地工作地，本人一直在武汉工作所以没答应，公司协议赔偿最近一年平均工资，赔付16年，但是在2015年曾经扣发了每个月1000元的工资到现在累计二万多也不赔偿，而且近一年工资也是按照扣发后计算的，可以要求仲裁吗？

1、工伤到工伤认定书下来期间，如果劳动者仍在医疗期内的，用人单位应支付工资的，如果过了医疗期的，只能按事假处理的。
2、《工伤保险条例》第三十三条：职工因工作遭受事故伤害或者患职业病，需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。

工伤期间如果用人单位克扣工资，可以依据下来法律来维护自己的权利。因工伤不能上班，停工留薪期间，用人单位应支付工资待遇的，工伤治疗产生的医疗费用，用人单位也要承担的，法律依据如下：
《工伤保险条例》第三十三条 职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
停工留薪期一般不超过12个月。伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。工伤职工评定伤残等级后，停发原待遇，按照本章的有关规定享受伤残待遇。
工伤职工在停工留薪期满后仍需治疗的，继续享受工伤医疗待遇。
生活不能自理的工伤职工在停工留薪期需要护理的，由所在单位负责。

面这几种情形下，用人单位从员工的工资中进行扣发是合法的：　　
1、代扣个人所得税;　　
2、代缴社会保险的个人缴费部分和住房公积金的个人缴费部分;　　
3、协助执行法院判决、裁定，及其它生效的法律文书;　　
4、抵扣用人单位的损失。按《工资支付暂行规定》第16条的规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，需要注意的是，这种情况下的扣发，有两个限制，一是每月扣除的部分不能超过劳动者当月工资的20%;二是扣除后剩余的工资不能低于当地的最低工资，若低于最低工资标准，则按最低工资标准支付。当然，对于劳动者给用人单位造成损失的，也可以选择让劳动者另行一次性赔偿单位损失，但从工资中直接扣发的话，不能违反上述规定。　　在劳动者有缺勤的情况下，如病假或事假，用人单位按照法律规定和规章制度规定，对缺勤期间的工资另行计算，比正常上班工资要低，这不是扣发，而是缺勤期间本来就该少拿或不拿工资，是合法的。　　哪些项目不列入工资总额范围：　　
(一)根据国务院发布的有关规定颁发的创造发明奖、自然科学奖、科学技术进步奖和支付的合理化建议和技术改进奖以及支付给运动员、教练员的奖金;　　
(二)有关劳动保险和职工福利方面的各项费用;(见注释1)　　
(三)有关离休、退休、退职人员待遇的各项支出;　　
(四)劳动保护的各项支出(见注释1);　　
(五)稿费、讲课费及其他专门工作报酬;　　
(六)出差伙食补助费、误餐补助、调动工作的旅费和安家费;　　
(七)对自带工具、牲畜来企业工作职工所支付的工具、牲畜等的补偿费用;　　
(八)实行租赁经营单位的承租人的风险性补偿收入;　　
(九)对购买本企业股票和债券的职工所支付的股息(包括股金分红)和利息;　　
(十)劳动合同制职工解除劳动合同时由企业支付的医疗补助费、生活补助费等;　　
(十一)因录用临时工而在工资以外向提供劳动力单位支付的手续费或管理费;　　
(十二)支付给家庭工人的加工费和按加工订货办法支付给承包单位的发包费用;　　
(十三)支付给参加企业劳动的在校学生的补贴;　　
(十四)计划生育独生子女补贴。