本人于2016年与公司签订的两年劳动合同，现在合同期未满公司破产了，公司方不给出具解除劳动关系证明，导致无法正常程序领取失业金，并且公司方让员工签署自动离职证明，这种情况要申请劳动仲裁吗？

劳动者在工伤期间，被用人单位解除劳动关系，属于违法解除，用人单位应当向劳动者支付赔偿金。
　　《劳动合同法》第四十六条规定，有下列情形之一的用人单位应当向劳动者支付经济补偿：
　　
(一)劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的;
　　
(二)用人单位依照本法第三十六条规定向劳动者提出解除劳动合同并与劳动者协商一致解除劳动合同的;
　　
(三)用人单位依照本法第四十条规定解除劳动合同的;
　　
(四)用人单位依照本法第四十一条第一款规定解除劳动合同的;
　　
(五)除用人单位维持或者提高劳动合同约定条件续订劳动合同，劳动者不同意续订的情形外，依照本法第四十四条第一项规定终止固定期限劳动合同的;
　　
(六)依照本法第四十四条第四项、第五项规定终止劳动合同的;
　　
(七)法律、行政法规规定的其他情形。
　　《劳动合同法》第四十八条规定：用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同，劳动者要求继续履行劳动合同的，用人单位应当继续履行;劳动者不要求继续履行劳动合同或者劳动合同已经不能继续履行的，用人单位应当依照本法第八十七条规定支付赔偿金。

《劳动合同法》五十条规定　用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。第八十九条规定　用人单位违反本法规定未向劳动者出具解除或者终止劳动合同的书面证明，由劳动行政部门责令改正；给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。
据此你可以就你的问题向当地劳动监察大队反映，如果有损失还可以要求原单位赔偿。

一般劳动者辞职到期以后，用人单位应当在规定的时间内结清工资，并为劳动者办理离职手续以及社保转移手续。　　《中华人民共和国劳动合同法》　　第五十条用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。
　　　　劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。　　　　用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少保存二年备查。