我和孩子的父亲已分居三年了，这次准备起诉离婚了，请问两个小孩会怎么判给哪方？

婚后所得财产为共同财产，离婚时一般平均分割，您的批发档属于个体工商户，就其价值协商确定，协商不成可以估价，或者竞价。房产、汽车、存款等平均分割。关键存款和债务金额确定。
孩子的抚养协商不成，法官一般会判一方抚养两个，另一方抚养两个，并支付给对方抚养费。两周岁以下的孩子应该归女方抚养。最后，请慎重考虑离婚的代价。

法院判决抚养权归属一般会根据有利于子女成长原则进行，主要考虑以下因素：夫妻双方的学历、工作、收入、年龄、家庭环境、子女的年龄等 。根据我国婚姻法来看，总的原则通常为：
1、两周岁以下的子女，一般随母方生活 ；
2、10岁以上的小孩，会征求小孩的意见。两个小孩的情况下一般是一人一个。

哺乳期内的子女，以随哺乳的母亲抚养为原则。
1、两周岁以下的子女，一般随母方生活。
2、父母双方协议两周岁以下子女随父方生活，并对子女健康成长无不利影响的，可予准许。
3、对两周岁以上未成年的子女，父方和母方均要求随其生活，一方有下列情形之一的，可予优先考虑。
（1）已做绝育手术或因其他原因丧失生育能力的；
（2）子女随其生活时间较长，改变生活环境对子女健康成长明显不利的；
（3）无其他子女，而另一方有其他子女的；
（4）子女随其生活，对子女成长有利，而另一方患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，或者有其他不利于子女身心健康的情形，不宜与子女共同生活的。
4、父方与母方抚养子女的条件基本相同，双方均要求子女与其共同生活，但子女单独随祖父母或外祖父母共同生活多年，且祖父母或外祖父母要求并且有能力帮助子女照顾孙子女或外孙子女的，可作为子女随父或母生活的优先条件予以考虑。
5、父母双方对十周岁以上的未成年子女随父或随母生活发生争执的，应考虑该子女的意见。