建设工程合同纠纷可以约定仲裁,但前提是仲裁协议或者条款是有效的。
根据《民诉解释》第215条规定,依照民事诉讼法第124条第2项的规定,当事人在书面合同中订有仲裁条款,或者在发生纠纷后达成书面仲裁协议,一方向人民法院起诉的,人民法院应当告知原告向仲裁机构申请仲裁,其坚持起诉的,裁定不予受理,但仲裁条款或者仲裁协议不成立、无效、失效、内容不明确无法执行的除外。
第216条规定,在人民法院首次开庭前,被告以有书面仲裁协议为由对受理民事案件提出异议的,人民法院应当进行审查。
由上述可知,仲裁条款具有抗辩效力,阻却法院对于争议事项的管辖。