我是6月份离职，当时我提前一周提出了离职申请，后来领导直接给我口头上说不用来上班了，离职签字他会正常给我签，但是当我离开公司后三个月，公司扣发了我5月份的工资，人士部门说没收到我的离职申请。请问这该如何处理

可以口头申请辞职。
　　向用人单位申请辞职，是按《劳动合同法》第三十六条规定，与用人单位协商一致解除合同，法律并无规定采用口头还是书面形式。申请只是一种要约，需要用人单位同意。
用人单位同意的，按协商情况办理解除合同手续，合同解除。用人单位不同意的，继续履行合同。
　　在用人单位无法定过错情形之下，劳动者可以按《劳动合同法》第三十七条规定，书面通知用人单位解除合同。
提前30天书面通知用人单位，无需用人单位同意，30天期满，用人单位即应结清工资办理解除合同手续。提前30天书面通知用人单位解除合同，是法律赋予劳动者在用人单位没有法定事实下单方合同解除权，但劳动者刑事该项权利，一定要注意：书面通知（不是辞职申请、辞职报告）；提前30天，30天未满，不得擅自离职，但用人单位可以提前办理解除合同，让劳动者离职；有效送达，书面通知一定要送达人力资源部，并留有送达证据。

劳动者应当按照正常的辞职程序辞职，如果劳动者辞职到期，用人单位不支付其工资的，劳动者可以申请劳动仲裁，要求用人单位支付被拖欠的工资。如何申请劳动仲裁：
1、去当地人力资源和社会保障局（原劳动局）内的劳动争议仲裁委，申请劳动仲裁，立案时需携带：仲裁申请书2份、申请人身份证复印件1份；相关证据复印件和证据清单2份；用人单位的工商登记信息（北京地区不需要提供登记信息）。
2、提交材料后，5个工作日仲裁委给予立案，然后给双方举证期，给对方答辩期；然后开庭审理，之后对你们双方进行调解，调解不成仲裁委会下达裁决书；劳动仲裁60天内结案；对于裁决书不服，劳动者可以起诉到法院；
3、申请劳动仲裁期间，不耽误劳动者去新单位工作。《中华人民共和国劳动法》第五十条　工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。《工资支付暂行规定》第十八条　各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：　　
（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；　　
（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资的；　　
（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。　　经济补偿和赔偿金的标准，按国家有关规定执行。

公司违反劳动法并且扣押劳动者的劳动合同，劳动者可以要求公司提供一份劳动合同给劳动者，公司不提供，劳动者可以反馈的公司所在地的人力资源与社会保障局申请劳动仲裁，要求公司提供劳动合同，公司违反《劳动合同法》第38条内容，劳动者可以立即解除劳动合同，不需事先告知用人单位，并要求支付补偿金（每工作一年支付一个月工资）。公司违规解除劳动合同需要支付双倍补偿金的赔偿金。
　　《劳动合同法》
　　第三十八条　用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：
　　
（一）未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的；
　　
（二）未及时足额支付劳动报酬的；
　　
（三）未依法为劳动者缴纳社会保险费的；
　　
（四）用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的；
　　
（五）因本法第二十六条第一款规定的情形致使劳动合同无效的；
　　
（六）法律、行政法规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。
　　 用人单位以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动者劳动的，或者用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的，劳动者可以立即解除劳动合同，不需事先告知用人单位。
　　第四十七条　经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
　　 劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
　　 本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
　　 第四十八条　用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同，劳动者要求继续履行劳动合同的，用人单位应当继续履行；劳动者不要求继续履行劳动合同或者劳动合同已经不能继续履行的，用人单位应当依照本法第八十七条规定支付赔偿金。
　　第八十七条　用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同的，应当依照本法第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
　　　　第八十一条　用人单位提供的劳动合同文本未载明本法规定的劳动合同必备条款或者用人单位未将劳动合同文本交付劳动者的，由劳动行政部门责令改正；给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。