双方协议离婚，农村自建房归女方所有，房产证是男方的，怎样过户？

《婚姻法》司法解释二：
第二十条　双方对夫妻共同财产中的房屋价值及归属无法达成协议时，人民法院按以下情形分别处理：
双方均主张房屋所有权并且同意竞价取得的，应当准许
一方主张房屋所有权的，由评估机构按市场价格对房屋作出评估，取得房屋所有权的一方应当给予另一方相应的补偿
双方均不主张房屋所有权的，根据当事人的申请拍卖房屋，就所得价款进行分割。
第二十一条　离婚时双方对尚未取得所有权或者尚未取得完全所有权的房屋有争议且协商不成的，人民法院不宜判决房屋所有权的归属，应当根据实际情况判决由当事人使用。
当事人就前款规定的房屋取得完全所有权后，有争议的，可以另行向人民法院提起诉讼。

农村房产过户手续的七步骤：　　第1步：登记　　买卖双方到中介机构咨询二手房交易的相关政策，分别登记购房、售房信息。　　第2步：调档　　卖方拿着房屋所有权证到房屋所在区县房地产交易管理部门，办理调档手续。
如果托委给中介，就是他们的事了。　　第3步：验证　　中介机构审核卖方身份证及产权证(包括产权是否共有、房屋是否抵押等)，并留存证件复印件备案。同时实地考察、掌握房屋详情，初步估价，为确定售价提供参考。
　　第4步：签约　　验证核实房屋后，中介机构分别与售房人和买房人签订委托出售、购房协议。买卖双方确认房屋的价格及相关事宜后，签订《房屋买卖合同》，同时交纳委托代理费。
　　第5步：中保　　买卖双方签订买卖合中要与中介机构共同签订《中保合同》并交纳中保费。卖方提交房屋所有权原件及复印件、人名章等。买方提交身份有效证件复印件、人名章等。
　　第6步：交款　　买方将房款在过户前三日内全部存入中保方指定的账户。若买方欲向很行申请抵押贷款，应与担保方签订《委托担保合同》，同时将总房款的3帆作为首付款存入中介指定账户，贷款全额待很行放款后汇入中介指定账户。
上述两种款项与总房款之差额也应由买方在很行放款前一次性存入保方指定账户。　　第7步：过户　　买卖双方交纳相关税费，办理过户手续，然后，中保方在买卖双方对产房产确认无误后，将房款给付卖方，卖方也必须将房屋腾空，将钥匙交与买方，三方进行中保结算。

协议离婚财产分配办法如下：
1、夫妻书面约定婚姻关系存续期间所得的财产归各自所有，一方因抚育子女、照料老人、协助另一方工作等付出较多义务的，离婚时有权向另一方请求补偿，另一方应当予以补偿。
2、离婚时，原为夫妻共同生活所负的债务，应当共同偿还。
共同财产不足清偿的，或财产归各自所有的，由双方协议清偿；协议不成时，由人民法院判决。
3、离婚时，如一方生活困难，另一方应从其住房等个人财产中给予适当帮助。具体办法由双方协议；协议不成时，由人民法院判决。
具体说来，夫妻离婚财产分配原则如下：
(一) 夫妻之间对财产的协议优先；
(二) 男女平等；
(三) 照顾子女和女方权益；
(四) 照顾无过错方；
(五) 照顾付出较多方。
因此对于协议离婚的房产分割可以综上考虑进行确定。