公司在员工不知情的情况下单方面在劳动部门备案员工工作实行不定时工作制，没有告知员工，也没有与员工签任何书面合同告知。现以此为由拒付加班工资，请问合法吗?当时人可以申请加班工资吗？

劳动合同中不可以约定每月工资包含加班费，加班费不属于工资，是劳动者另外加班所补偿的费用。因此没有加班工资一说。
通常，用人单位为了免除自己的法定责任、排除劳动者权利，譬如连加班费一起计算以满足本地最低工资要求，或者通过捆绑，可以最大限度免费让工人加班，同时也使劳动者不能依法得到休息的权利，此种做法是违反劳动合同法的。
所订立的劳动合同无效或者部分无效。

1、如果加班费你们在合同中有明确约定的，一般都是按约定计算的。
2、社保未按真实工资申报，你可以要求补交差额部分的社保，但是你个人应交部分，应由你个人承担的。
3、劳动仲裁前往当地劳动部门申请就可以的，仲裁可以请律师也可以不请律师。建议委托律师处理会更加方便。

《劳动合同法》第三十一条 用人单位应当严格执行劳动定额标准，不得强迫或者变相强迫劳动者加班。用人单位安排加班的，应当按照国家有关规定向劳动者支付加班费。
加班费是指劳动者按照用人单位生产和工作的需要在规定工作时间之外继续生产劳动或者工作所获得的劳动报酬。
劳动者加班，延长了工作时间，增加了额外的劳动量，应当得到合理的报酬。对劳动者而言，加班费是一种补偿，因为其付出了过量的劳动；对于用人单位而言，支付加班费能够有效地抑制用人单位随意地延长工作时间，保护劳动者的合法权益。
根据劳动法和国家的有关规定，用人单位在延长劳动者工作时间的情况下应当支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬，即加班费。
按照劳动法第四十四条的规定，支付加班费的具体标准是：在标准工作日内安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于百分之三百的工资报酬。