被执行人名下没有存款，房屋已被其他法院冻结，但是他名下有两家公司，其中一家是独资公司一家是合资公司，请问能不能申请查封其公司账户

法院按比例执行还款后，以继续追讨余款。

可以要求法院继续向债务人追计余款。
因为只要根据生效法律文书，债务人未还清应偿全部欠款的，法院应一直对被执行人财产继续采取强制执行措施，直至其履行还款义务完毕时止。
强制执行相关条件：
如果其他单位和个人持有被申请执行的财产、而由人民法院书面通知协助执行的，都有义务按通知的规定执行。凡是无故推托、拒绝或者妨碍执行，因而造成严重后果的，有关单位和个人要负法律责任。
法律文书 又称执行文书。人民法院的执行工作，应以法律文书为根据。法律规定下列法律文书具有执行效力：民事判决书、裁定书和调解书；具有财产执行内容的刑事判决书和裁定书；法律规定由人民法院执行的仲裁文书；法律规定由人民法院执行的公证文书；法律规定由人民法院执行的其他法律文书。
这些法律文书必须发生法律效力，没有生效的不能作为执行的根据；法律文书还必须具有给付内容，如果只是确认或者变更法律关系的，则无需执行。
法定期限 第二百一十五条　申请执行的期间为二年。
申请执行时效的中止、中断，适用法律有关诉讼时效中止、中断的规定。
清偿顺序 强制执行被申请人财产所得的现金，应及时清偿债务。如果有多个申请人时，则由人民法院执行员按照法定的清偿顺序分配，而不采取平均分配的办法。
其顺序是：首先偿还所欠申请人的工资和生活费；其次偿还所欠国家的税款；然后偿还其他债务。先满足上一顺序申请人的债权，再满足下一顺序申请人的债权。如果在同一清偿顺序内尚不能满足所有申请人要求的，则依各人债权数额的多少，按比例分配。
未能清偿的债权，债务人以后偿还。