我没签劳动合同，这个月干了13天，然后辞职，公司以已缴纳五险一金多于我实际工资所得，要求我退回之间的差额，是否合理。

根据规定，如用人单位不支付未签合同的双倍工资，由劳动者申请劳动行政部门责令用人单位支付。因此目前关于双倍工资的申请，仲裁支持的可能性比较小。 但就单位没有签合同来看，单位应该没有给你缴纳社会保险，你可以诉请要求单位给你补缴社会保险，并支付你无故解除劳动合同的经济补偿金。
关于劳动关系的证明，你可以参照陈律师的方法，或找你的同事或客户等知情人员证明。

辞职前后程序都一样，区别是辞职可以要求单位支付补偿金
以单位拖欠工资的理由辞职，要求单位按在本单位工作年限支付补偿金，每工作满一年补偿一个月工资，以离职前十二个月平均工资做补偿标准
同时要求单位补发工资
和单位无法协商，离职一年内申请劳动仲裁
《劳动合同法》
第三十八条　用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：
　　
（一）未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的；
　　
（二）未及时足额支付劳动报酬的；
　　
（三）未依法为劳动者缴纳社会保险费的；
　　
（四）用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的；
　　
（五）因本法第二十六条第一款规定的情形致使劳动合同无效的；
　　
（六）法律、行政法规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。
　　 用人单位以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动者劳动的，或者用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的，劳动者可以立即解除劳动合同，不需事先告知用人单位。

正常来说无论是否签劳动合同，都是需要支付工资的，与签合同的时间是没有直接关联的。但是很多单位都不会给，因为一方面员工也不会太在乎这点钱，另外如果发生纠纷，需要提供确实工作了的证据，即使有，也会给领导造成一些不好的印象。
但是其实作为一个公司来说，这点钱应该支付给员工才好，否则显得很小气，还可能会有后续的麻烦。