被克扣工资可以通过以下方式处理：
1、被克扣工资可以与用人单位协商，可以先与用人单位负责人了解情况，询问原因；
2、向
劳动纠纷调解委员会申请调解；
3、向劳动监察大队投诉；
4、向
劳动争议仲裁委员会申请仲裁；
5、仲裁后不服可向人民法院起诉。劳动者与用人单位就劳动纠纷问题直接进行协商，当事人就已经发生的劳动纠纷向劳动纠纷调解委员会申请调解的程序，调解程序也由当事人自愿选择，调解协议不具有强制执行力，如果一方反悔，可以向仲裁机构申请仲裁。
当事人将纠纷提交劳动争议仲裁委员会进行处理的程序，如果想提起诉讼打劳动官司，必须经过仲裁程序，不能直接向人民法院起诉。诉讼解决，诉讼程序的启动是由不服劳动争议仲裁委员会裁决的一方当事人向人民法院提起诉讼后启动的程序。
