被告借我50万元，诉讼后经法院调解结案，后未履行，申请执行，已执行45万，被告以管辖权为由申请再审，后中院决定再审，再审时，被告又说借条是假的，该如何处理

1、执行案件应当在立案之日起六个月内执结。
2、但是，执结，并不是一定将被执行人的欠款全部执行到位。那些没有履行能力的案件，可以终结本次执行程序的形式结案。
3、《最高人民法院关于严格执行案件审理期限制度的若干规定》第五条规定：执行案件应当在立案之日起六个月内执结，非诉执行案件应当在立案之日起三个月内执结；有特殊情况需要延长的，经本院院长批准，可以延长三个月，还需延长的，层报高级人民法院备案。
　　委托执行的案件，委托的人民法院应当在立案后一个月内办理完委托执行手续，受委托的人民法院应当在收到委托函件后三十日内执行完毕。未执行完毕，应当在期限届满后十五日内将执行情况函告委托人民法院。
　　刑事案件没收财产刑应当即时执行。
　　刑事案件罚金刑，应当在判决、裁定发生法律效力后三个月内执行完毕，至迟不超过六个月。
4、最高人民法院《关于执行案件立案、结案若干问题的意见》第十四条除执行财产保全裁定、恢复执行的案件外，其他执行实施类案件的结案方式包括：
　　
（一）执行完毕；
　　
（二）终结本次执行程序；
　　
（三）终结执行；
　　
（四）销案；
　　
（五）不予执行；
　　
（六）驳回申请。
5、《关于执行案件立案、结案若干问题的意见》第十六条有下列情形之一的，可以以“终结本次执行程序”方式结案：
　　
（一）被执行人确无财产可供执行，申请执行人书面同意人民法院终结本次执行程序的；
　　
（二）因被执行人无财产而中止执行满两年，经查证被执行人确无财产可供执行的；
　　
（三）申请执行人明确表示提供不出被执行人的财产或财产线索，并在人民法院穷尽财产调查措施之后，对人民法院认定被执行人无财产可供执行书面表示认可的；
　　
（四）被执行人的财产无法拍卖变卖，或者动产经两次拍卖、不动产或其他财产权经三次拍卖仍然流拍，申请执行人拒绝接受或者依法不能交付其抵债，经人民法院穷尽财产调查措施，被执行人确无其他财产可供执行的；
　　
（五）经人民法院穷尽财产调查措施，被执行人确无财产可供执行或虽有财产但不宜强制执行，当事人达成分期履行和解协议，且未履行完毕的；
　　
（六）被执行人确无财产可供执行，申请执行人属于特困群体，执行法院已经给予其适当救助的。
　　人民法院应当依法组成合议庭，就案件是否终结本次执行程序进行合议。
　　终结本次执行程序应当制作裁定书，送达申请执行人。裁定应当载明案件的执行情况、申请执行人债权已受偿和未受偿的情况、终结本次执行程序的理由，以及发现被执行人有可供执行财产，可以申请恢复执行等内容。

如果调解协议属于法院应当由人民法院执行的法律文书，一方不履行协议的，对方当事人可以向人民法院申请执行。　　相关法律规定：《中华人民共和国民事诉讼法》　　第二百三十六条　发生法律效力的民事判决、裁定，当事人必须履行。
一方拒绝履行的，对方当事人可以向人民法院申请执行，也可以由审判员移送执行员执行。　　调解书和其他应当由人民法院执行的法律文书，当事人必须履行。一方拒绝履行的，对方当事人可以向人民法院申请执行。

根据《民事诉讼法》第224条规定，人民法院生效的调解书，应当向用人单位住所地或者财产所在地人民法院申请执行。如果用人单位住所地或者财产所在地在合肥的，可以向合肥法院申请执行；未在合肥的，不可以向合肥法院申请执行。
《民事诉讼法》第二百二十四条发生法律效力的民事判决、裁定，以及刑事判决、裁定中的财产部分，由第一审人民法院或者与第一审人民法院同级的被执行的财产所在地人民法院执行。
法律规定由人民法院执行的其他法律文书，由被执行人住所地或者被执行的财产所在地人民法院执行。