商业秘密保护与竞业禁止的关系是，用人单位与劳动者可以同时在劳动合同中约定商业秘密保护与竞业禁止。但是保护期限一般不同，商业秘密保护一般止于劳动合同终止时，而竞业禁止期限可以在劳动合同终止后最长两年内再终止。
《中华人民共和国劳动合同法》第二十二条
用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
第二十三条
用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
