非法证据排除规则的适用程序如下所示：
1、有审判人员依据职权或者是依据当事人的申请启动非法证据排除的调查程序。依据《刑事诉讼法》第五十六条第二款规定：采用刑讯逼供等非法方法收集的犯罪嫌疑人、被告人供述和采用暴力、威胁等非法方法收集的证人证言、被害人陈述，应当予以排除。在侦查、审查起诉、审判时发现有应当排除的证据的，应当依法予以排除，不得作为起诉意见、起诉决定和判决的依据。
2、非法证据排除程序启动后，有人民检察院对有异议的证据进行证明该证据的合法性，不能证明的，该证据将会被排除适用。《刑事诉讼法》第五十七条：人民检察院接到报案、控告、举报或者发现侦查人员以非法方法收集证据的，应当进行调查核实。对于确有以非法方法收集证据情形的，应当提出纠正意见；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
