公司收购程序比较复杂，因此有许多隐藏风险，具体包括以下几个方面：
1、合同方面的风险
若收购的目标公司对于与其有关的合同管理不严，或出于卖方的主观原因而使买方无法全面了解目标公司与他人订立合同的具体情况，则公司在收购时可能被该类风险所影响。
2、隐藏诉讼风险
如果卖方没有全面披露正在进行或潜在的诉讼以及诉讼对象的个体情况，那么诉讼的结果很可能就会改变诸如应收帐款，从而改变目标公司的资产数额；而且在某些特殊情况下，如诉讼对象在判决的执行前进行破产清算，甚至会使目标公司作为资产的债权减小到不可思议的程度。
3、知识产权风险
企业收购方通常是在不知情的情况下，突然之间成为侵权方，这种情形应避免。为此，除查清目标公司是否存在侵害他人的情形外，并购后应继续做好与产品开发相关的专利检索，避免诉讼风险。
4、人事变动的风险
目标公司人力资源情况也具有相当的风险性，诸如富余职工负担是否过重、在岗职工的熟练程度、接受新技术的能力以及并购后关系雇员是否会离开等都是影响预期生产成本的重要因素。
