劳动者患病期间，公司可以根据公司相关制度扣付工资，但工资的扣付须遵守法律，法律规定如下：
一、《劳动法》中有关病假的规定
1、职工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期间内由企业按有关规定支付其病假工资或疾病救济费，病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。
2、除劳动法第二十五条规定的情形外，劳动者在医疗期、孕期、产期和哺乳期内，劳动，劳动合同期限届满时，用人单位不得终止劳动合同。劳动合同的期限应自动延续至医疗期、孕期、产期和哺乳期期满为止。
二、依据病假请假的时间来计算扣工资的比重：
职工患病休假在六个月内的疾病休假工资计算：
1.连续工龄＜2年者：病假日工资按职工日平均工资的60％计发；
2.连续工龄≥2年且＜4年者，病假日工资按职工日平均工资的70％计发。
