应该按照《劳动法》规定的正常工资的200%支付加班工资，而不能认为另外100%的加班工资已经包括在正常发放的工资之中，因此只支付100%的加班工资。
1、根据劳动法第四十四条规定：有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
（1）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
（2）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。
因此周六、周日加班，加班工资按200%计算。
2、计算方法根据劳动和社会保障部颁布的《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》执行：
法定公休日加班工资=日工资×200%；
日工资=月工资收入÷月计薪天数；
小时工资=月工资收入÷(月计薪天数×8小时)；
月计薪天数=(365天-104天)÷12月=21.75天。
