不同的合作医疗项目有不同的报销方式，具体如下：
1、门诊报销：
开通农村医疗保险卡后，直接在指定医疗单位收费处刷卡，报销比例，所报销的费用直接在收费单上显示。
2、住院报销：
直接出具农村医保卡，交上押金并办理入院手续，在参保人员出院时，报销费用直接产生后扣除，结帐出院。
3、大病补助：
在住院时产生的高费用，可以申请大病补助，提出申请，到民办处拿表填写资料，开出证明后，带身份证，户口本，农村医保卡等复印件到民办处，审核后直接打入参保人医保卡。
4、意外伤害：
意外流产住院，在有准生证的出院后，可以在农村医疗保险指定的医疗单位用医疗保险卡直接刷卡，还没有办理的需及时补办准生证，去镇上医疗合作社提交医院单位的病历证明，收据，并提交医疗保险卡复印件，工作人员审核后15个工作日会打入参保人员的医保卡里。
5、异地医疗：
异地工作人员也能享受直接刷卡，如果异地就诊需本地医疗单位开具转诊证明，异地出院后须提交转诊证明，病历证明，出院收费单，身份证，户口本，农村医疗保险卡等有效证明到本地医疗合作社办理。
6、特殊情况：
参保人不在农村医疗保险指定的医疗单位，或有第三方出资，儿童疫苗，美容，牙齿矫正，人流，醉酒，打架斗殴等都不在农村医疗保险范围之内。
