迟到一次罚款5000不合法也不合理。根据劳动法规定，单位是不可以克扣或者无故拖欠劳动者的工资，若员工因为严重失职，营私舞弊，等对用人单位利益造成重大损害的情况下，单位可以根据实际情况按照当地劳动部门相关要求进行追讨经济损失。员工短时间迟到，一般不会对公司造成很大的损失，因此不允许进行罚款。
法律规定：
《劳动法》第五十条
工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
