分居两年的起诉流程如下：1、原告向人民法院递交起诉书、副本及相关的证据；2、人民法院接受原告提交的文件、材料，进行审查；3、经审查起诉符合法律规定、要求，作出受理决定并立案。4、人民法院决定立案之日起五日内将原告的起诉书副本送达被告，并告知被告作出书面答辩；5、被告自收到人民法院送达的起诉书副本之日起十五日内作出书面答辩。6、法庭调查；7、法庭辩论；8、法官主持调解；9、调解无效、判决。
《民事诉讼法》第一百二十条起诉形式
起诉应当向人民法院递交起诉状，并按照被告人数提出副本。书写起诉状确有困难的，可以口头起诉，由人民法院记入笔录，并告知对方当事人。
第一百二十二条先行调解
当事人起诉到人民法院的民事纠纷，适宜调解的，先行调解，但当事人拒绝调解的除外。
第一百二十三条立案和受理
人民法院应当保障当事人依照法律规定享有的起诉权利。对符合本法第一百一十九条的起诉，必须受理。
第一百二十五条送达起诉状和提出答辩状
人民法院应当在立案之日起五日内将起诉状副本发送被告，被告应当在收到之日起十五日内提出答辩状。
第一百四十八条宣判
人民法院对公开审理或者不公开审理的案件，一律公开宣告判决。
