港澳通行证丢了可以申请补办。补办港澳通行证流程：
1、先到出入境事务厅办理《遗失证件及报到通知书》。
2、在《遗失证件及报到通知书》的有效期内，提交符合《出入境证件相片照相指引》标准的申请人照片。
3、交验申请人居民身份证原件，申请人未满16周岁，也可交验居民户口簿；军人应交验军人身份证明。上述身份证件须留存复印件或者电子扫描图片。
4、按要求用银行卡付费，领取办证回执。
5、在回执上所示领证日期或之后凭本人身份证和回执领取。户籍地15个工作日，非户籍地须30个工作日。
《中国公民因私事往来香港地区或者澳门地区的暂行管理办法》第二十四条
内地公民在前往香港、澳门之前遗失前往港澳通行证、往来港澳通行证的，应立即报告原发证机关，并由本人登报声明，经调查属实的，重新发给证件。
