事实婚姻能否办理协议离婚

如果男女双方在是1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施以前，已经符合结婚实质要件的，事实婚姻能办理协议离婚。如果是实施以后的，只能由男女双方协商解除。

《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民法典>婚姻家庭编的解释（一）》第三条 
当事人提起诉讼仅请求解除同居关系的，人民法院不予受理；已经受理的，裁定驳回起诉。
当事人因同居期间财产分割或者子女抚养纠纷提起诉讼的，人民法院应当受理。
第七条 
未依据民法典第一千零四十九条规定办理结婚登记而以夫妻名义共同生活的男女，提起诉讼要求离婚的，应当区别对待：
（一）1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施以前，男女双方已经符合结婚实质要件的，按事实婚姻处理。
（二）1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施以后，男女双方符合结婚实质要件的，人民法院应当告知其补办结婚登记。未补办结婚登记的，依据本解释第三条规定处理。