聘用合同和劳动合同本身的法律性质不同，所呈现的结果也会不一样。
聘用合同调整的是政府对公共组织及其工作人员的人事管理行为和工作人员行为规范，属于公法调整范畴。而劳动合同规范的是企业与劳动者之间的劳动关系，属于私法调整范畴。
合同主体的权利义务关系不同
企业的劳动合同是纯粹的民事合同，合同中所规定的权利与义务对当事人来讲基本上是平等的。民事合同强调契约的自由性、合意性，一般不会发生不确定的权利或义务关系，即使发生，双方均可自由协调解决，解除合同。
工资制度不同
事业单位向聘用人员支付的工资报酬，主要是按照国家规定的标准支付。按照国家有关规定，事业单位的专业技术 人员分别实行不同类型的工资制度，如专业技术人员职务等级工资制、专业技术人员职务岗位工资制、事业单位的专业技术人员分别实行不同类型的工资制度，因此，事业单位与聘用人员订立聘用合同的内容不仅反映该事业 单位的意志，也应当体现国家宏观管理的内容。
管理监督部门不同
按照国务院各部门的职能分工，目前，事业单位和企业分别由国务院人事部和劳动保障部对其进行宏观政策指导和监督。
