深圳社保住院报销比例如下：
1、按照医院不同级别设立不同的住院起付线，等级越高，起付线越高。深圳市内一级及以下医院为100元，市内二级医院为200元，市内三级医院为300元，本深圳市医院为400元。参保人员发生的住院药品费用，属于基本医疗保险药品目录范围内的，退休人员按照95%报销；其他人员按照90%的比例列入基本医疗保险大病统筹基金记账范围。
2、另外，参加医疗保险的人员如果因为病情所需，需要做基本医疗保险诊疗项目使用特殊医用材料、进行人工器官的安装或转换、使用单价在1000元以上的一次性医用材料属于国产的，按其国产普及型价格的90%列入基本医疗保险大病统筹基金记账范围；属于进口的，按进口普及型价格的60%列入基本医疗保险大病统筹基金记账范围。
《中华人民共和国社会保险法》第二十九条
参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。
社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。
