合伙企业的个税计算是以税前利润按各合伙人的股份比率计算出每个人分配的利润，扣除个税允许税前扣除额42000，而每月是3500，再然后再按个体工商户的生产经营所得和对企事业单位的承包经营、承租经营所得适要用5级累进个税税率表计算应缴的税额。
而用于计算个人所得税的基础是：合伙企业收入总额—生产经营成本费用、损失—费用扣除标准=应纳税所得，再用一个应纳税所得对应的税率表中的级次计算应缴纳多少个税。
《中华人民共和国企业所得税法》第二十一条
在计算应纳税所得额时，企业财务、会计处理办法与税收法律、行政法规的规定不一致的，应当依照税收法律、行政法规的规定计算。
