是否扣除全勤奖金或其他金额，需根据公司内部规章制度进行，并且该制度应该由员工确认过。
1、根据《工资支付暂行规定》，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
2、但在实践中，上海等地区仲裁与法院已经没有严格按照20%标准去认定，公司并不能当然扣发员工工资。因为员工的过错，造成公司损失，如果公司制定了相应的奖惩制度，并且员工已经知晓确认，那么公司可以根据公司制度进行处罚，但是公司支付给员工当月的工资不能低于当地的最低工资标准。
《工资支付暂行规定》第十六条
因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
