病假一般不会扣全勤，具体要看该地区工资支付条例或细则。
以上海为例，
上海病假工资算法：
(1)职工疾病或非因工负伤连续休假在6个月以内的，企业应按下列标准支付疾病休假工资：①连续工龄不满2年的，按本人工资的60％计发；②连续工龄满2年不满4年的，按本人工资70％计发；③连续工龄满4年不满6年的，按本人工资的80％计发；④连续工龄满6年不满8年的，按本人工资的90％计发；⑤连续工龄满8年及以上的，按本人工资的100％计发。
(2)职工疾病或非因工负伤连续休假超过6个月的，由企业支付疾病救济费：①连续工龄不满1年的，按本人工资的40％计发；②连续工龄满1年不满3年的，按本人工资的50％计发；③连续工龄满3年及以上的，按本人工资的60％计发。
(3)病假工资计算公式：(计算基数/21.75)×计算系数×病假天数。
《中华人民共和国工伤保险条例》第六十四条
本条例所称工资总额，是指用人单位直接支付给本单位全部职工的劳动报酬总额。
本条例所称本人工资，是指工伤职工因工作遭受事故伤害或者患职业病前12个月平均月缴费工资。本人工资高于统筹地区职工平均工资300%的，按照统筹地区职工平均工资的300%计算；本人工资低于统筹地区职工平均工资60%的，按照统筹地区职工平均工资的60%计算。
