工程保证金最新规定有：
1、不得预留工程质量保证金的情形
在工程项目竣工前，已经缴纳履约保证金的，发包人不得同时预留工程质量保证金。
采用工程质量保证担保、工程质量保险等其他保证方式的，发包人不得再预留保证金。
2、预留保证金可第三方托管
社会投资项目采用预留保证金方式的，发、承包双方可以约定将保证金交由第三方金融机构托管。
3、银行保函代替现金保证金
推行银行保函制度，承包人可以银行保函替代预留保证金。银行保函、工程质量保证担保、工程质量保险等保证方式，视作与现金保证金有同等效力，不得再预留保证金。
4、逾期未返还，发包人应支付违约金
发包人应当在在合同条款中，明确约定：逾期返还保证金的违约金支付办法及违约责任。
5、缺陷责任期最长2年
缺陷责任期一般为1年，最长不超过2年。
